快速藥敏檢測技術(shù)方法、原理、臨床轉(zhuǎn)化需求(一)
1.3顯微自動聚焦技術(shù)與丹麥Biosense oCelloScope系統(tǒng)的技術(shù)融合
在傳統(tǒng)稀釋法藥敏試驗(yàn)的基礎(chǔ)上,顯微自動聚焦技術(shù)通過高頻顯微拍攝(每小時(shí)進(jìn)行動態(tài)監(jiān)測),實(shí)時(shí)捕捉微生物在數(shù)量與形態(tài)上的變化,結(jié)合算法分析與數(shù)據(jù)庫比對,2~8小時(shí)內(nèi)即可報(bào)告藥物的MIC值。目前,該技術(shù)已在陰性桿菌、葡萄球菌、腸球菌、鏈球菌等多種臨床常見細(xì)菌的藥敏檢測中表現(xiàn)出良好性能,相關(guān)驗(yàn)證數(shù)據(jù)正在進(jìn)一步完善中。
丹麥Biosense公司的微生物生長動態(tài)監(jiān)測系統(tǒng)oCelloScope,正是基于“顯微自動聚焦+動態(tài)成像分析”的技術(shù)原理,實(shí)現(xiàn)了藥敏檢測的快速化與精準(zhǔn)化,且在技術(shù)細(xì)節(jié)上進(jìn)行了多項(xiàng)創(chuàng)新優(yōu)化。該系統(tǒng)集成高分辨率光學(xué)成像模塊、恒溫孵育模塊與智能圖像分析系統(tǒng),可在藥敏孵育過程中對微生物進(jìn)行連續(xù)動態(tài)拍攝——每小時(shí)自動完成多次聚焦與成像,通過識別微生物形態(tài)(如細(xì)胞長度、寬度、團(tuán)聚狀態(tài))與數(shù)量的細(xì)微變化,早期判斷細(xì)菌是否被抗菌藥物抑制。
相較于傳統(tǒng)顯微自動聚焦技術(shù),oCelloScope系統(tǒng)在以下方面實(shí)現(xiàn)了關(guān)鍵技術(shù)突破:
超高靈敏度成像能力:采用定制化光學(xué)鏡頭與高穩(wěn)定性光源,可清晰捕捉單個細(xì)菌細(xì)胞的形態(tài)變化——即使在孵育2小時(shí)內(nèi),細(xì)菌數(shù)量未出現(xiàn)顯著增長時(shí),也能通過細(xì)胞腫脹、分裂停滯、細(xì)胞膜完整性改變等細(xì)微形態(tài)特征,早期識別抗菌藥物的抑制作用,進(jìn)一步縮短檢測時(shí)間;
全流程自動化與智能化:系統(tǒng)覆蓋從樣本加樣、恒溫孵育、動態(tài)成像到結(jié)果分析的全流程自動化操作,無需人工干預(yù),有效減少人為操作誤差;內(nèi)置的微生物形態(tài)數(shù)據(jù)庫涵蓋臨床常見致病菌(如大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌等),可通過AI算法自動比對不同藥物濃度下的微生物生長曲線,快速計(jì)算并輸出MIC值,降低對操作人員專業(yè)水平的要求;
廣譜臨床適用性:通過大量臨床驗(yàn)證,該系統(tǒng)可適用于革蘭陰性桿菌、革蘭陽性球菌等多種臨床常見細(xì)菌的藥敏檢測,無需依賴專屬藥敏折點(diǎn),可適配β內(nèi)酰胺類、喹諾酮類、氨基糖苷類、大環(huán)內(nèi)酯類等臨床常用抗菌藥物,有效解決了RAST方法適用范圍有限的問題;
臨床標(biāo)本直接檢測能力:該系統(tǒng)支持對血培養(yǎng)陽性標(biāo)本、尿液標(biāo)本等臨床樣本的直接藥敏檢測,無需經(jīng)過傳統(tǒng)的純培養(yǎng)步驟——例如,對血培養(yǎng)陽性標(biāo)本的藥敏檢測可在4~6小時(shí)內(nèi)完成,較傳統(tǒng)方法(24~48小時(shí))縮短20小時(shí)以上,為重癥感染患者的緊急救治提供關(guān)鍵支持。
目前,oCelloScope系統(tǒng)已在多項(xiàng)臨床研究中驗(yàn)證了其性能:針對肺炎克雷伯菌、銅綠假單胞菌等常見耐藥菌的藥敏檢測,其結(jié)果與微量肉湯稀釋法的基本一致性(EA)達(dá)到95%以上,分類一致性(CA)維持在85%~90%,且對碳青霉烯類耐藥菌(CRE)的檢測準(zhǔn)確率顯著優(yōu)于傳統(tǒng)方法[參考Biosense臨床驗(yàn)證數(shù)據(jù)]。
二、基于熒光標(biāo)記顯示細(xì)胞活性的快速藥敏技術(shù)
此類技術(shù)的核心原理是通過熒光物質(zhì)標(biāo)記微生物細(xì)胞的特定成分,利用熒光信號的變化反映細(xì)胞活性狀態(tài),進(jìn)而判斷抗菌藥物的抑制效果。其顯著優(yōu)勢在于,可在微生物未形成肉眼可見生長前,通過熒光信號放大微生物活性的早期差異,實(shí)現(xiàn)藥敏結(jié)果的快速判讀。
2.1三磷酸腺苷(ATP)生物發(fā)光法
ATP是所有活細(xì)胞的核心能量載體,微生物細(xì)胞內(nèi)的ATP含量相對穩(wěn)定;熒光素酶可催化熒光素發(fā)生氧化反應(yīng)并釋放生物光,而該反應(yīng)的啟動必須以ATP為底物——當(dāng)熒光素濃度足量時(shí),反應(yīng)產(chǎn)生的熒光強(qiáng)度與體系內(nèi)游離ATP的含量呈正相關(guān)[13]?;谶@一特性,ATP生物發(fā)光法可通過檢測熒光強(qiáng)度間接反映微生物活性,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)藥敏檢測。
國外學(xué)者最早將該技術(shù)應(yīng)用于快速藥敏檢測,2小時(shí)內(nèi)即可獲得MIC值,檢測限可達(dá)103CFU/mL,但該方法需先對微生物進(jìn)行裂解以提取ATP,操作步驟較為復(fù)雜[14]。國內(nèi)向杰等學(xué)者對該技術(shù)進(jìn)行優(yōu)化,省去ATP提取步驟,根據(jù)抗菌藥物作用機(jī)制的差異(將藥物分為生長依賴型/抑菌劑、致死依賴型/殺菌劑),設(shè)計(jì)不同的結(jié)果判斷標(biāo)準(zhǔn)。優(yōu)化后的方法與微量肉湯稀釋法的檢測結(jié)果對比顯示,基本一致性(EA)達(dá)到90%,分類一致性(CA)為80%~84%,檢測周期從傳統(tǒng)的16~24小時(shí)縮短至5~6小時(shí)[15]。
此外,劉君等學(xué)者將該技術(shù)拓展至結(jié)核分枝桿菌藥敏檢測領(lǐng)域,通過優(yōu)化孵育條件與檢測參數(shù),可在(6.6±2.1)天內(nèi)獲得藥敏結(jié)果,與傳統(tǒng)羅氏培養(yǎng)法的符合率達(dá)到95.2%,顯著縮短了結(jié)核分枝桿菌藥敏檢測的周期,為結(jié)核病的精準(zhǔn)治療提供了支持[16]。
2.2熒光細(xì)胞染色法
該技術(shù)利用熒光染料的細(xì)胞膜滲透性差異,區(qū)分細(xì)菌的活性狀態(tài):熒光染料SYBR GreenⅠ可穿透完整的細(xì)胞膜進(jìn)入活細(xì)胞內(nèi),使活細(xì)胞呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶則無法穿透完整細(xì)胞膜,僅能進(jìn)入細(xì)胞膜受損的死亡細(xì)胞或?yàn)l死細(xì)胞,使這類細(xì)胞呈現(xiàn)紅色熒光。通過熒光顯微鏡或熒光分析儀檢測體系內(nèi)綠/紅熒光的比值,即可量化細(xì)菌種群的存活狀態(tài),進(jìn)而判斷抗菌藥物的抑制效果。
Zhang等學(xué)者與Feng等學(xué)者分別基于該原理開發(fā)快速藥敏檢測方法,均實(shí)現(xiàn)了30~60分鐘內(nèi)獲得快生長病原微生物藥敏結(jié)果的突破[1718],為臨床緊急感染救治提供了高效解決方案。
除上述雙色熒光染色法外,刃天青染色法也是常用技術(shù)路徑。刃天青作為一種氧化還原指示劑,在氧化狀態(tài)下呈藍(lán)色,在還原狀態(tài)下會不可逆地轉(zhuǎn)化為粉紅色熒光產(chǎn)物試鹵靈。細(xì)菌在生長繁殖過程中,細(xì)胞內(nèi)處于還原環(huán)境,攝入細(xì)胞內(nèi)的刃天青會被還原為試鹵靈并釋放至培養(yǎng)基中,導(dǎo)致培養(yǎng)基顏色從藍(lán)色變?yōu)榉奂t色,且熒光強(qiáng)度與活性細(xì)胞數(shù)量呈正相關(guān)?;谶@一特性,該方法最快可在2小時(shí)內(nèi)獲得細(xì)菌藥敏結(jié)果[19]。但該技術(shù)存在一定局限性:刃天青無法被銅綠假單胞菌等非發(fā)酵革蘭陰性桿菌代謝,因此不適用于這類細(xì)菌的藥敏檢測,臨床應(yīng)用范圍受限。為拓展應(yīng)用場景,研究者開發(fā)基于刃天青還原法的微流體芯片技術(shù),用于尿液中分離細(xì)菌的藥敏檢測,6小時(shí)內(nèi)可獲得MIC值[20]。
2.3 qPCR檢測細(xì)菌16S rDNA
微生物與抗菌藥物共同孵育過程中,細(xì)胞代謝變化具有時(shí)間差異性:RNA與DNA的變化會在2小時(shí)內(nèi)顯現(xiàn),而蛋白質(zhì)的變化則需4小時(shí)后才出現(xiàn)??紤]到RNA在體外易降解,難以保證檢測穩(wěn)定性,使用通用引物檢測細(xì)菌16S rDNA(細(xì)菌核糖體RNA的編碼基因,具有物種特異性與高度保守性)更具臨床應(yīng)用前景。
中國科學(xué)院武漢病毒研究所羅俊博士團(tuán)隊(duì)基于這一思路,利用qPCR技術(shù)檢測與抗菌藥物共同孵育后的細(xì)菌16S rDNA,通過分析核酸拷貝數(shù)的變化判斷細(xì)菌生長抑制情況。在對36株銅綠假單胞菌和28株金黃色葡萄球菌的藥敏檢測中,該方法與標(biāo)準(zhǔn)微量肉湯稀釋法的結(jié)果一致性分別達(dá)到97.22%和96.43%[21],驗(yàn)證了技術(shù)準(zhǔn)確性。Xie等學(xué)者也通過類似技術(shù)路徑,在孵育2小時(shí)后成功檢測出鮑曼不動桿菌、肺炎克雷伯菌和金黃色葡萄球菌對不同抗菌藥物的敏感性[22],進(jìn)一步證明了該技術(shù)的可行性。
三、基于細(xì)胞代謝狀態(tài)/產(chǎn)物檢測的快速藥敏技術(shù)
此類技術(shù)的核心邏輯是通過捕捉微生物代謝過程中的產(chǎn)物變化(如揮發(fā)性有機(jī)化合物、生物大分子合成情況),間接反映微生物的活性狀態(tài),進(jìn)而判斷抗菌藥物的抑制效果。其關(guān)鍵優(yōu)勢在于利用高靈敏度檢測技術(shù),放大代謝信號的早期差異,實(shí)現(xiàn)藥敏結(jié)果的快速判讀。
3.1代謝產(chǎn)物顯色法
細(xì)菌在生長繁殖過程中會釋放多種揮發(fā)性有機(jī)化合物,包括胺類、醛類、芳香族化合物、酮類、酯類等?;谶@一特性,研究者設(shè)計(jì)了帶有化學(xué)小分子感受器的藥敏檢測孔——這些感受器可與細(xì)菌釋放的揮發(fā)性有機(jī)化合物發(fā)生特異性反應(yīng),導(dǎo)致顏色變化。檢測儀器每10分鐘對感受器顏色進(jìn)行一次掃描,通過對比不同藥物濃度下感受器的顏色變化,可在早期區(qū)分有細(xì)菌生長與無細(xì)菌生長的藥敏孔,進(jìn)而計(jì)算得出藥物的MIC值。
Antonelli等學(xué)者基于該技術(shù)搭建檢測平臺,直接對革蘭陰性桿菌血培養(yǎng)肉湯進(jìn)行藥敏檢測,平均獲得藥敏結(jié)果的時(shí)間僅為4.6小時(shí),較傳統(tǒng)方法縮短24~48小時(shí)[23]。該平臺還具有兩大優(yōu)勢:一是血培養(yǎng)顯示陽性后16小時(shí)內(nèi)的肉湯標(biāo)本均可使用,無需嚴(yán)格控制標(biāo)本采集時(shí)間;二是可檢測16~22種抗菌藥物,包括頭孢他啶/阿維巴坦、頭孢洛扎/他唑巴坦、美羅培南/韋博巴坦等新型抗菌藥物,為多重耐藥菌感染的精準(zhǔn)治療提供了關(guān)鍵支持。
3.2拉曼光譜技術(shù)
拉曼散射是一種特殊的光散射現(xiàn)象:當(dāng)光穿過介質(zhì)時(shí),極少數(shù)光子會與介質(zhì)分子發(fā)生能量交換,導(dǎo)致散射光的頻率發(fā)生改變。通過光譜儀對散射光進(jìn)行色散處理,并由探測器采集信號,可獲得拉曼光譜。分析拉曼光譜中峰的位置、漂移、寬度、強(qiáng)度等信息,可實(shí)現(xiàn)對樣品的定性與定量分析。目前,拉曼光譜技術(shù)已廣泛應(yīng)用于生物化學(xué)、安檢安防、考古探測等多個領(lǐng)域。
在藥敏檢測領(lǐng)域,病原菌細(xì)胞內(nèi)的核酸、蛋白質(zhì)、脂質(zhì)等生物大分子均可通過拉曼光譜呈現(xiàn)特征峰,且峰強(qiáng)度與分子在細(xì)胞內(nèi)的含量呈正相關(guān)。當(dāng)微生物受到抗菌藥物作用時(shí),細(xì)胞內(nèi)生物大分子的組成與代謝產(chǎn)物會發(fā)生改變,這些變化可通過拉曼光譜被精準(zhǔn)捕捉,進(jìn)而判斷抗菌藥物的效果——由于這類方法無需添加外源標(biāo)記物,僅依賴微生物自身的光譜信號,因此被歸為拉曼藥敏技術(shù)的非標(biāo)記檢測法[24]。
除非標(biāo)記法外,標(biāo)記法拉曼光譜技術(shù)是當(dāng)前研究熱點(diǎn),其中以重水(D?O)標(biāo)記法最為成熟。該方法將D?O摻入藥敏培養(yǎng)基中,使其作為代謝標(biāo)記物參與細(xì)菌的生物合成過程:重水中的氘原子會整合到細(xì)菌合成的蛋白質(zhì)、脂質(zhì)等生物大分子中,在拉曼光譜的“生物靜默區(qū)”(該區(qū)域無其他生物分子的光譜信號干擾)形成明顯的CD特征峰,且峰強(qiáng)度與細(xì)菌的代謝活性呈正相關(guān)[25]。
該技術(shù)的通用檢測步驟為:首先將細(xì)菌在含不同濃度抗菌藥物的培養(yǎng)基中孵育1~2小時(shí);隨后向培養(yǎng)基中加入濃度為30%~100%的D?O,繼續(xù)孵育30分鐘左右;最后通過拉曼光譜儀檢測CD峰強(qiáng)度,根據(jù)峰強(qiáng)度判斷細(xì)菌的代謝活性,進(jìn)而篩選出有效抗菌藥物[26]。
該技術(shù)具有三大核心優(yōu)勢:一是無需對微生物進(jìn)行培養(yǎng)、染色或其他標(biāo)記處理,可直接檢測臨床標(biāo)本;二是檢測速度快,對尿液標(biāo)本的藥敏檢測僅需2.5小時(shí),遠(yuǎn)快于傳統(tǒng)方法(48小時(shí));三是適用于無法培養(yǎng)或難培養(yǎng)的微生物(如某些厭氧菌、苛養(yǎng)菌)的藥敏檢測,為特殊感染性疾病的治療提供了新的技術(shù)路徑[27]。
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